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Une autre hypothèse possible est que l’exposition in-utéro au valproate provoque un changement épigénétique, c’est-à-dire une modification de l’expression génique valproate semisodique ou valpromide) sans altération de la séquence de l’ADN, est bien établie, et ces conséquences sont potentiellement transmissibles à la génération suivante. Des données animales limitées ont mis en évidence des effets neurodéveloppementaux qui se manifestent à la troisième génération.
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